Bei einer Zöliakie kommt es zu immunologischen Reaktionen gegen ein Fremdantigen – das Gliadin aus dem Getreide – und gegen Autoantigene im Endomysium (das ist das zwischen den Skelettmuskelfasern als Gleitgewebe gelegene lockere, an Blutkapillaren reiche, kollagen- und gitterfaserige Bindegewebe), in erster Linie gegen das Enzym Tissue-Transglutaminase. Die Zöliakie ist also gleichzeitig eine Nahrungsmittelallergie und eine Autoimmunerkrankung und lässt sich mithilfe von Gliadin-Antikörpern und Autoantikörpern gegen Endomysium bzw. tTg nachweisen. Eine Schwierigkeit beim serologischen Nachweis einer Zöliakie liegt darin, dass bei etwa 10% der betroffenen Patienten ein IgA-Mangel vorliegt. Das heißt, es lassen sich dann keine IgA-Antikörper nachweisen. Dieses Problem lässt sich jedoch umgehen, indem man nicht nur die IgA-Antikörper bestimmt, sondern zusätzlich den etwas weniger spezifischen IgG-Nachweis durchführt.